Neymar estreou aos 17 anos no time profissional do Santos em 7 de março de 2009, contra o Oeste, de Itápolis, no Estádio do Pacaembu, partida vencida pelo Santos por 2x1 e válida pelo Campeonato Paulista.[6] Neymar marcou o primeiro gol da carreira em 15 de março de 2009, contra o Mogi Mirim, no Estádio do Pacaembu, partida vencida pelo Santos por 3x0 e válida pelo Campeonato Paulista.
Mais tarde, nas semifinais da competição, o Santos encarou o Palmeiras, e venceu os dois jogos por 2x1, e Neymar marcou o gol da vitória no primeiro duelo, realizado na Vila Belmiro.[7] O jogador não repetiu as atuações empolgantes nas duas partidas que decidiram a final do Paulistão, e o "Peixe" acabou ficando com o vice-campeonato, perdendo o título para o Corinthians. Contudo, Neymar foi eleito a revelação do campeonato.[8] Pelo Campeonato Brasileiro, obteve destaque ao lado de Paulo Henrique Ganso, mas o Santos acabou terminando na 12ª posição.
Pelo Campeonato Paulista, Neymar conseguiu o feito de marcar cinco gols em cinco clássicos, no mais notável, marcou três gols contra oSão Paulo, além de marcar contra o Corinthians[9], e contra o Palmeiras[10], na campanha em que o Santos se consagrou Campeão Paulista de 2010. Contra o São Paulo (na primeira fase) a partida foi vencida por 2x1, já nas semifinais foram duas vitórias (3x2 e 3x0), contra o Corinthians a partida também foi vencida pelos Santos, por 2x1. Contra o Palmeiras, sua equipe perdeu pelo placar de 4x3. Após a vitória na campanha estadual, a equipe formada por Neymar, Paulo Henrique Ganso, Robinho e André, foi apelidada de "Meninos da Vila", apelido geralmente dado à times que o Santos forma, com jogadores de categorias de base como destaque.
O segundo título na temporada viria na Copa do Brasil, Neymar se destacou nas partidas contra o Naviraiense, uma sonora goleada por 10x0, além do 8x1 sobre o Guarani, jogo este, em que marcou cinco dos oito tentos da equipe santista, em partida disputada na Vila Belmiro, no jogo de ida das oitavas-de-final da competição.[11] No dia 28 de julho, na final do torneio, Neymar marcou um dos gols, ajudando o Santos a vencer por 2x0 a partida de ida, contra o Vitória. Apesar da derrota no jogo de volta em Salvador, o Santos sagrou-se campeão do torneio, Neymar foi o artilheiro com onze gols,[12] garantindo a vaga do Santos na Libertadores do ano seguinte.
O ano de 2011 iniciou com todos os "holofotes" do futebol brasileiro sobre Neymar. Após o último ano, ele é considerado por muitos especialistas como o melhor jogador em atividade no país. Restava apenas saber se ele corresponderia como o principal protagonista de um time.
Pelo Santos, agora reforçado por Elano, Neymar iniciou a temporada ajudando o clube a classificar-se para a fase final do Campeonato Paulista. Em seguida, o Peixe venceu a Ponte Preta nas quartas-de-final,[13] e passou pelo rival São Paulo nas semi-finais, no clássico chamado San-São.[14] Na final, enfrentou o Corinthians, que havia passado pelo Palmeiras nas semis. No primeiro jogo, realizado no Estádio do Pacaembu, o empate sem gols mostrou-se um bom resultado para o Santos no jogo da volta, já que agora a equipe precisava apenas do placar mínimo para ser campeão.[15] No jogo da volta, na Vila Belmiro, o Santos venceu por 2x1, com um dos gols tendo sido marcado por Neymar, tornou-se bi-campeão paulista, e pela 19ª vez campeão estadual.[15]
Pela Copa Libertadores, o Santos classificou-se na segunda colocação do grupo 5, atrás do Cerro Porteño, e passou pelo América do México nas oitavas-de-final, vencendo por 1x0 na Vila Belmiro e segurando o 0x0 na casa do adversário.[16] O Once Caldas foi o adversário nas quartas-de-final, no jogo de ida, na Colômbia, o Santos venceu por 1x0, com boa atuação, tendo também dado o passe para o gol marcado por Alan Patrick.[17] Na volta, o empate por 1x1 no Pacaembu assegurou a vaga do Peixe nas semi-finais,[17] tendo novamente o Cerro Porteño como adversário, assim como na fase de grupos. Contra o Cerro, o Santos venceu no jogo de ida, novamente no Pacaembu, por 1x0. Na volta, no Paraguai, após o empate em 3x3, os santistas garantiram sua vaga na final.[18]
Na final da Copa Libertadores o Santos teve como adversário o Peñarol, que havia vencido o Vélez Sársfieldna outra semi. No jogo de ida, realizado no Estádio Centenário, em Montevidéu, Neymar teve uma atuação apagada e sofreu muito com a dura marcação dos defensores uruguaios, chegando a receber um cartão amarelo numa jogada que, segundo o árbitro Carlos Amarilla, o jogador simulou ter recebido uma pancada na região do abdômen. No intervalo do jogo, Neymar alegou ainda que Amarilla o ameaçou várias vezes de expulsão caso continuasse caindo ou fizesse falta,[19] fato que lhe suspenderia do jogo de volta:
Eu fiquei com receio pela suspensão no segundo jogo. Joguei intimidado o primeiro tempo, é horroroso jogar com um árbitro ameaçando e falando: "vou te botar para fora". Ele falou isso três vezes, é ruim, para mim é muito ruim. Eu não podia dividir uma bola, marcar, estava pressionado por causa do amarelo. | — Sobre as ameaças de Carlos Amarilladurante a final.[19]
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Apesar de uma partida movimentada e com muitas chances para ambas as equipes, o jogo terminou em 0x0.[20] Na partida de volta, Neymar fez um dos gols da vitória por 2x1, ajudando o Santos a conquistar o título da Copa Libertadores, após 48 anos.
Sua estreia pelo Campeonato Brasileiro aconteceu apenas na 12ª rodada, na emocionante partida contra o Flamengo. No tão esperado duelo contra Ronaldinho Gaúcho, Neymar marcou dois dos quatro gols santistas, mas não pôde evitar a derrota da sua equipe num incomum 5x4.[21]
Ainda no Campeonato Brasileiro, em jogo válido pela 32ª rodada, Neymar marcou 4 gols contra o Atlético-PR e ainda teve 2 anulados na vitória do Santos por 4x1 sobre a equipe paranaense.[22]
No dia 1 de novembro foi anunciado os indicados à Bola de Ouro FIFA 2011 e Neymar foi o primeiro jogador atuando na América do Sul a ser indicado ao prêmio.[23] Anteriormente, em 2007, Rogério Ceni foi indicado a Bola de Ouro da revista francesa France Football sendo o primeiro atleta atuando no Brasil a ser indicado ao prêmio antes da unificação com a premiação da FIFA.
Pelas seleções de base do Brasil, Neymar defendeu a Sub-17, em 2009, e a Sub-20, em 2011.
Pelo Sub-17, participou do Copa do Mundo Sub-17 de 2009, onde o Brasil foi eliminado logo na primeira fase da competição. Neymar marcou um gol na partida de estreia, contra o Japão, vencida pelo Brasil por 3x2.[24] Posteriormente, o Brasil sofreu duas derrotas por 1x0, para México e Suíça, e foi precocemente eliminado da competição.
Pelo Sub-20, por outro lado, obteve resultados melhores. Fez parte do elenco campeão do Sul-Americano de 2011,[25] resultado que garantiu a vaga brasileira nas Olimpíadas de 2012. Era o jogador mais badalado da equipe, e logo na primeira partida, marcou os quatro gols da vitória por 4x2 sobre o Paraguai. Após esta partida, o Diário Olé chegou a apelidá-lo de Neymaradona.[3] Ao fim do Sul-Americano, foi também o artilheiro do torneio, com nove gols.
Pela Seleção Brasileira principal, recebeu sua primeira convocação em 26 de julho de 2010 pelotécnico Mano Menezes, que havia acabado de assumir o cargo. A convocação era para o amistoso contra os Estados Unidos, em Nova Jérsey, no jogo, Neymar marcou um gol de cabeça, seu primeiro gol com a camisa canarinha, logo na estreia.[26]
Após ficar de fora da convocação seguinte devido ao seu atrito com Dorival Júnior no Santos,[27] foi chamado novamente pela seleção no dia 29 de outubro para outro amistoso, desta vez contra a grande rival Argentina. Na partida, o jogador teve uma atuação razoável, mas não pôde evitar a derrota por 1x0, em gol marcado por Lionel Messi.[28]
No ano seguinte, continuou sendo chamado por Mano, agora para o amistoso contra a Escócia, realizado em 27 de março de 2011,[29]. Neste jogo, teve sua melhor atuação até hoje pela seleção, marcando os dois gols da vitória por 2x0, um deles de pênalti, sofrido por ele próprio.[30]
Em junho, atuou em mais dois amistosos, um empate em 0x0 contra a Holanda e uma vitória por 1x0 contra a Romênia. Nestes dois jogos, não marcou nenhum gol e teve atuações abaixo do esperado, mas foi o autor da assistência para o gol de Fred na vitória pelo placar mínimo sobre os romenos.[31]Após esta partida, Mano Menezes anunciou a lista de convocação do Brasil para a Copa América, e incluiu Neymar, que disputará seu primeiro torneio pela seleção principal.[32]
Neymar chegou à Argentina, sede da Copa América, como o principal protagonista. Após a conquista da Copa Libertadores com o Santos, ele era apontado pelos jornalistas esportivos como o jogador em melhor fase dentes os 23 convocados. Na partida de estreia, contra aVenezuela, esteve durante os 90 minutos em campo e não pôde evitar o frustrante empate em 0x0.[33] No jogo seguinte, agora frente aoParaguai, novamente fez muito pouco e chegou a ser vaiado quando foi substituído por Fred, que poucos minutos após sua entrada marcou o gol que garantiu o empate por 2x2.[34] Seu desempenho inicial na Copa América foi abaixo das expectativas: nos dois primeiros jogos, ele pouco finalizou e teve números abaixo do que vinha apresentando em seu clube.[35] No jogo seguinte, contra o Equador, Neymar finalmente "desencantou" no torneio, marcou dois gols na vitória por 4x2 e ajudou a garantir o Brasil na primeira colocação do grupo, tendo o Paraguaicomo adversário nas quartas-de-final.[36]
Contra os paraguaios, veio a eliminação da Seleção Brasileira: após um 0x0 durante 120 minutos (tempo normal e prorogação) com o Brasil superior no jogo, a Seleção Paraguaia acabou saindo vencedora na disputa por pênaltis,[37] com os brasileiros errando todas as quatro cobranças. Neymar havia sido novamente substituído por Fred ainda antes do final da prorrogação.